Ему был 91 год.
По данным «Базы», Андрей Алексеевич умер у себя дома, его тело обнаружили 24 сентября. Никонов работал в Академии наук 66 лет, за это время он подготовил более 800 научных работ.
Сейсмолог принимал участие в подготовке карты общего сейсмического районирования территории России, которую утвердили в 2019 году.
За свою работу Никонов был награжден медалью «За вклад в реализацию государственной политики в области научно-технологического развития».