По данным СМИ, примерно в 17:55 боевики одновременно бросили зажигательные устройства в синагогу и христианскую церковь в Дербенте.
После этого они сразу же открыли огонь по сотрудникам полиции, несущим службу по их охране. В обоих зданиях начался пожар.
В результате стрельбы рядом с синагогой погибли охранник и один сотрудник полиции. Второй полицейский получил ранения. Также, по предварительным данным, рядом с синагогой были убиты и двое прохожих.
Рядом с церковью также был убит один полицейский. Кроме того, был убит и священнослужитель (отец Николай, прослуживший в церкви более 40 лет). Преступники скрылись на белом «Фольксвагене Поло».
Спустя полчаса, в 18:30, другая группа боевиков открыла огонь по полицейским, которые несли службу рядом с церковью на улице Мирзабекова в Махачкале. Четверо сотрудников полиции погибли, несколько полицейских получили ранения. После этого боевики захватили автомобиль ВАЗ-2114 и скрылись по улице Комарова в сторону ж/д путей.
На улице Ермошкина они кинули коктейль Молотова в синагогу. Позже преступники обстреляли наряд ДПС на улице Буйнакского. В результате нападения погиб полицейский.
Около 19 часов преступники открыли огонь по полицейским рядом с кафе «Встреча» на улице Каммаева.
После этого во время перестрелки двое боевиков были убиты. Остальных удалось ликвидировать спустя несколько часов.